Sim, desde que a instituição seja participante do Prouni e o curso tenha bolsa disponível. Ao fazer a inscrição, o candidato faz até duas opções de curso, turno e instituição de educação superior, dentre as bolsas disponíveis, conforme seu perfil.
Há cursos que exigem requisitos específicos para matrícula. Em alguns cursos de ciências aeronáuticas, por exemplo, o estudante deve ter, dentre outras exigências, licença de piloto privado e um número específico de horas de voo. Assim, é necessário ter atenção ao fazer as opções de curso no momento da inscrição no Prouni. Caso o estudante deixe de comprovar requisitos dessa natureza, perde o direito à bolsa.