Sim, o Prouni reserva bolsas a pessoas com deficiência e aos autodeclarados indígenas, pardos ou pretos. O percentual de bolsas destinadas a cotistas é igual àquele de cidadãos pretos, pardos e indígenas, em cada unidade da Federação, segundo o último censo do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE). Vale lembrar que o candidato cotista também deve se enquadrar nos demais critérios de seleção do Prouni.